東京都の感染者推移グラフ  
4/30

東京の感染者で私が良く見ているのがこれですが、でも土日のデコボコやらなんやらで傾向が掴めません。


東京の感染者数推移(NHKニュースより) 

土日のデコボコなら7日間移動平均で消せるはず。何処かに数値データは無いかと探してみたら、東京都のサイトにありました。それを元に作ったのが下の図です。


あくまで4/30時点のグラフです。この後2日間増加しましたが。

実数の最高は4/17日の201人ですが、移動平均(赤)のピークは4/14です。ただし移動平均は過去7日の 平均なので更に前後7日の平均に補正してみましょう。それが黒の折れ線です。そのピークは4/11でそこから徐々に下がりだしていることが判ります。

ところで先の8割おじさんのグラフでは感染してから検出されるまで約2週間のインターバルがあると。

なので黒い線を2週間前にずらしてみたのがオレンジの線です。緊急事態宣言は4/7。小池都知事が緊急記者会見で感染爆発「重大局面」と 「週末の外出自粛要請」したのが3/25、その週末が3/28からでおまけに3/29は大雪。オレンジグラフはあくまでシュミレーションなんですが、なん となく符合しますね。そこで天井を打って僅かに下がりだす。そして緊急事態宣言以降、より減少が早まると。

8割おじさんこと西浦教授が5/1に示したシュミレーションで も新規の推定感染者数は4/29頃(少し前)ですね。東京(上)と全国(下)です。8割おじさんの言うことにゃ、東京は期待通りに下がっているが、全国レ ベルでは下降は緩やかで長期化しそうと。


青いグラフは実効再精算数です。一人が何人に感染させたかという係数。2月20日前後は良く覚えていないのですが、ライブハウスとか三密イベントがまだあって、クラスター花盛りだった頃でしょうか。だから一人が大勢に感染させていたと?
8割おじさんのこのグラフと私の試算グラフ(オレンジ)はピークはほぼ一致するのですが、私の移動平均ベースの図はまだデコボコしています。

※横軸は推定感染時刻黄色か?推定感染者数、青か?実効再生産数(青い影か?95%信頼区間)て?ある。実効再生産数の推定においては右側打ち切りを考慮した推定を実施しているか?、潜伏期間と発病から 報告まて?の遅れのため、直近20日間は推定感染者数と実効再生産数を過小評価する可能性か?あるため、テ?ータを省略している。不顕性感染者を除く。国の専門家会議が示した「提言」全文より

下の図は5/1専門家会議の報告の中にある図ですが、左の確定日ベースが4/28までのPCR検出数でデコボコしていますが、発症日ベースだとデコボコはそれほどではありません。ただし発症日が判るケースは少し少ないんです。例えば発症者の濃厚接触者としてPCR検査を受けた場合、陽性と出ても自覚症状が無い。発症してない場合には発症日は無いですよね。

右の図の右端のブルーで蔽われている部分はPCR検査の遅れからまだカウントされていない人が居るかもしれない、多分居るだろうという範囲です。

5/09

それの更新版です。

深大寺の桜.jpg

ところで4/30までは順調に下降していた移動平均に異変が起きたのが5/1-2です。これは何でしょう。考えられるのは院内・施設内のクラスター感染が4/29-30あたりで発見された?

5/12

ところがこの公表データに修正がありました。未報告分 111名(追加)重複分 △35名(削除)と。その修正を反映させた5/12までのグラフは以下のようになります。修正部分は3/22から5/6までで+73です。ん? 計算が合わない。

一番大きな変更日は4/8と4/10でそれぞれ13名のプラス。最大の減少は4/22の7名マイナスです。でも移動平均グラフは殆ど同じに見えます ね。ところでこのグラフは「保健所から発生届が提出された日を基準とする」もので、感染の判明日と保健所の発生届にはタイムラグがあるようで、「確定日別による陽性者数の推移」が新たに公表されました。それを元に作り直したのが下のグラフ。

5/1-2の突然の跳ね上がりの理解に苦しんでいたのですが、その理由は報告の遅れだけだった様です。5/1-6の6日間で確定日ベースは319名 減っています。逆に報告ベースで10名以上の日で150%以上増加したのは10日も。4/13は報告ベースで91が確定日ベースでは182と2倍に。中に は3/30のように13が52へと4倍という日も。

元システム屋としては「何やってんだよ!そんな報告システムはすぐに作れるだろ!」と思いますが、保健所の作業が逼迫していた現れでもあります。保健所の方々は決してサボっていた訳ではなく、残業時間100時間/月超という方も居るとか。これもまた日本の危機管理体制の脆弱さですね。

確定日と報告日には約1〜2日のタイムラグがあるようですから、「実感染」の移動平均グラフを2W-1日の13日としてみましょう。東京に関しては感染 のピークはやはり3月末の都知事の週末外出自粛要請のあたりで、政府の緊急事態宣言やもたついた自粛要請の頃にはもう終息に向かっていたことになります。

ちなみに東京都の公表数字は15日15時時点で13日分までと1日分値が増えましたが、値そのものは5/4まで遡って変更(増加)しています。つまり報告・集計が1週間以上遅れることもあると。

緑の線は特別措置法成立から1週間の3/20に宣言を出していればというシュミレーションです。感染者は半分以下で医療崩壊ギリギリは 余裕で回避出来、今頃はもう自粛も終了していて、経済的なダメージもそれほど大きくはならなかったのではないかと推測されます。更に特別措置法成立から即 座(2日以内)に宣言を出していれば感染者は更に半分、つまり現状の1/4に押さえられていたはずと言うことに。セキュリティの世界も、いや、危機管理全 般に云えることですが、モタモタしているのが一番ヤバイことです。こんな調査も。

経済的なダメージはすぐに目に見えますが、問題は子供達のメンタルヘルス面です。こちらの潜伏期間は長く、かつ目に見えるものではありません。 どれぐらい長いかというと、1世代後の虐待の率とか、鬱病、自殺率にまで影響する可能性があるぐらいです。

私は昔から公園でキャッキャキャッキャと楽しそうに遊んでいる子供達を見ていて「ああ、この子達は大丈夫だ」と思うことが。 でも考えてみたら当たり前なんですよね。ネグレクトしている親が子供を公園に連れてくる訳がない。問題があるとすれば此処に来ていない子供達の中の誰かで す(1%ぐらい?アメリカでは%でなくて割らしいいですが)。

ところで東京都のこのページにある「検査実施人数(陰性確認を除く)と陽性率の推移」のグラフは全く理解出来ません。最初???だったのですが私の見落としでした。4月9日までは東京都健康安全研究センター、4月10日から5月6日までは東京都健康安全研究センター及びPCRセンター(地域外来・検査センター)、5月7日以降は医療機関での保険適用検査が加わって急増となっているようです。「PCR検査「陽性率」出せず 阻む2つの壁」という状況が5月7日以降は解消されたと。ただし5月7日以降と云うのは集計が追いついた日ということで、検査自体はそれ以前から行われているはずです。 

5/21

ところで、本日の(までの)感染状況で御座います。毎日「今日の新規感染者数」と報道されるのがこのグラフです。5/21に「東京都 また感染者数の計上ミス 累計で40人程度増加か」というニュースがあり、その増加分も反映しています。増加と云っても「今回、ミスが見つかったのは、今月上旬までのデータで、国が、緊急事態宣言の解除の判断の目安とする直近1週間の数ではない」とのことで、過去データの修正値と前日の発表値を比べると、変化は5/3以前までで、最大は4/30の13人増。グラフにすると誤差のうちぐらいのものです。 

ん? NHKはまだ本日のグラフを出してない。これだけだ! 勝った♪(笑)

5/22

新型コロナウイルス感染症を乗り越えるためのロードマップ (東京都)

心配していましたが、これなら歓迎です。特に「最初の緩和の対象には飲食店を含めて、・・・まずは午後10時まで」と「博物館や図書館などの文化施設」「休校が続く学校についても最初の段階で分散登校から再開」
「確定日別による陽性者数の推移」が新たに公表されて、その移動平均グラフを作った頃から思っていたことですが、東京はこのまま収束すると思います。

あとは神奈川県ですね。私の「日常」は少なくとも月に1回は鎌倉に行けるようになることなので。
この【鎌倉観光をお考えの皆様へのお願い】が解除されないと鎌倉写真がアップ出来ないじゃないですか。フキフキ "A^^;

5/24

「確定日別による陽性者数の推移」が 下のグラフ。確定日ベースだとグラフの形がだいぶ変わります。前回も書きましたが、5/1-2の突然の跳ね上がりの理由は報告の遅れ。

5/1-6の6日間のような大量 の滞りは今ではありませんが、それでも毎日夜間に 更新される数値は集計日ベースよりも1日前。報告日ベースの発表値は1/24〜5/21で総計5133人。確定日ベースの発表値は1日違いの1/23〜5 /20で総計は同じ5133人です。この発表が始まった初期(数日前ですが)1日分が追加されると7〜10日ぐらい前の数値も僅かに増えていました。例えば18日の報 告日ベース 新規感染者は10名ですが、その10名の確定日は7〜17日の範囲とか。
5/21のに「東京都 また感染者数の計上ミス 累計で40人程度増加か」の件ですが、今回の修正で過去データが更新されたのはやはり5/3以前で、最大は4/30と4/25の12人。こちらもグラフにすると何処が違うのか判らないぐらいです。 

5/21にアップした集計日ベースのグラフも更新しておきました。24日の集計追加は14人と10人を超えましたが移動平均(7日平均)にす るとたいして変わりません。その14人はこれまでの様に報告の遅れで、確定日ベースの感染者数は数日分が更新されました。確定日ベースの24日は4人(5/27現在では7人)です。

ところで東京都のこのページにある「検査実施人数(陰性確認を除く)と陽性率の推移」の現状も見てみましょう。12日までのデータと比べると、17日までに増えていますが、5/6以前の民間検査データは相変わらず集計されていないようです。直近で一番重要なことは陽性と陰性の合計が順調に下がっていることです。つまり感染の疑いのある人数も順調に下がっていると。その下がった中でも陽性率は1.3%ということ。一時期は30%を超えていたのですが。

PCR検査が保険適用になった、つまり保健所のフィルターを通さなくとも検査が出来るようになったのは3/6ですが、それは制度上の話。東京都医師会のPCR検査センターが可動し始めたのはもっと遅く、4/30時点でもまだ12箇所。調布市などは「週に平日3日間、ドライブスルー方式で実施し、医療機関を通じた完全予約制」だそうです。この記事によると20日から。
ただし東京都医師会が会見で云っているのは第二波までに様々な体制を整えておきべきということのようです。それはもっともです。来月になれば唾液のPCR検査も開始されて検査自体のリスクも抑えられて広げやすくなるでしょう。

5/17に「日本のコロナ公表情報がどうにも頼りない理由」などという記事が出ていましたが、少なくとも全体の傾向と直近の状況は公表されているデータから把握することは出来ます。「PCR検査、大阪で最長10日待ち」という記事の話は保健所のフィルターを通さなければならなかった「4月中旬」の話です。5/4の話ではありません。

ちなみに東京都は「都内の最新感染動向」サイトを修正しました。「モニタリング指標 」に関わるグラフをまとめて先頭に出しています。「モニタリング指標(2)新規陽性者における接触歴等不明率」「モニタリング指標(3)週単位の陽性者増加比」「モニタリング指標(4)重症患者数」「モニタリング指標(5)入院患者数」  のグラフは今まで無かったもの。
「モニタリング指標(1)新規陽性者数」はこれまでも発表していた「新規患者に関する報告件数の推移 」に過去7日間の移動平均値を折れ線グラフで示して加えたものです。それが無かったので私は上記のように自分で作り始めたのですが。


発表されている「モニタリング指標(2)新規陽性者における接触歴等不明率」にある感染経路不者はこれまで通り2W-1日の13日、接触判明者は潜伏期間5日+2日の7日とすると、クラスタ対策班の西浦教授の推定よりピークは若干遅れて3/30ぐらいになります。いずれにせよ緊急事態宣言より前ということには変わりありません。すると3つの疑問が持ち上がります。

  • 緊急事態宣言は一体何だったのか。それよりも3/23の都知事のメッセージ、「感染者の爆発的な増加、いわゆるオーバーシュート」。3/25の「感染爆発の重大局面」。3/27の「週末におけます不要不急の外出をお控えいただく」。3/30の「特に若者の皆様にはカラオケ、ライブハウス、そして中高年の方々につきましては、バーやナイトクラブなど接待を伴います飲食店に行くことは当面お控えいただきたい、自粛していただきたい」などの刺激的なメッセージの方が効いていたのではないか。
  • 後出しジャンケンではあるのですが、公的自警警察のような「パチンコ屋摘発(公表)」や「公園の遊具使用禁止」に「マラソンマスク」は過剰反応ではないのか。これについては元東大学長が 日本医師会 COVID-19有識者会議 にこんな投稿を。「コロナ禍からの脱出」のための知の構造化
    曰く「 我が国の現状は、他国や抗体検査などの様々な情報を比較して推察すると、感染率は0.1%、致死率は0.36%との推察ができる。新型コロナウイルス感染症は、治療薬がないが、医療体制の十分なところではインフルエンザと同程度の致死率である 感染者数の推察に対して、均質なモデルでは単純すぎ、現在無駄な自粛が多すぎる可能性がある。」
    加えて「接触確率は人の密度の2乗に比例する。感染症の最も基本的なSEIRというモデルでもそうだ。それなら、人出が55%減れば(0.45×0.45=0.20)、接触率は80%減るはずだ。メディアが報じる人出の減少率は、接触率80%減をゆうに超えているように思える。それで十分減らないと言うならモデルは欠陥品だ」と。欠陥品なモデルとは何のこと?「接触確率は人の密度の2乗に比例」のこと?それとも西浦モデル?
    「接触確率は人の密度の2乗に比例」なら緊急事態宣言(5/7)や営業自粛(5/10)よりも前に実感染が下降を始めたことが説明出来るのだが、この点に関して西浦教授の見解は?
  • 何で日本では感染率が低いのか? 欧米では罰則付き外出禁止でも押さえ込めなかったのに。
5/27以降

わかんないよね新型コロナ だからプロにきいてみよう」【5月26日(火)】 時間で27:40頃からこの説明があります。

発症は4月初め頃前半? モニタリング指標(6)PCR検査の陽性率 が25%を超えていた頃か。やっと電話が通じた保健所は「検査対象ではない」と。つまりこの時期の実陽性は報告されているよりもずっと多い可能性が濃厚。

堀さんがビックリしていたのは保健所が「検査OK」と云ってから実際に検査されるまで4日、結果を知るまでに更に3日と。他の区では5日のケースもあったとか。「PCR検査、大阪で最長10日待ち」という記事もありましたがその頃ですね。先のグラフでは実感染から陽性判定まで2Wとして実ピークを推定したが、実ピークはもっと前かもしれない。

とlころで感染してから報告(集計)されるまでのタイムラグを専門家に従って2週間という前提で「実感染」グラフをズラしましたが、それは「PCR検出」のピーク前後までの話でしょう。十分というほどではないにせよ、PCR検査体制が増強されている現在ではこの図の「発病から報告までの期間」はかなり縮んでいるのではないでしょうか。最近では陽性報告は濃厚接触者だけという日も。その場合は「発病」以前の可能性も大。ただしそれを補正する手がかりはありません。ただし、専門家会議で「医療現場機能不全も」と言われた4/1前後はCPR検査はパンク状態で保健所への電話もほとんど繋がらず、繋がっても「検査対象ではない」と門前払いを食うケースが多発した様です。あくまで推測ですが、PCR検査の門前払いが無ければ、グラフの角度からは検出された人数は下の黒い点線ぐらいの可能性が考えられます。すると自覚症状の有る実感染はオレンジ点線ということに。ピークの高さは判りませんが。

下のグラフだと陽性率が20%を超えるあたりから怪しそうですね。

東京等を除く府・県の緊急事態宣言解除の元になった専門家会議・「新型コロナウイルス感染症対策の状況分析・提言(5月14日)」にある首都圏(東京とその近県、埼玉、千葉、神奈川、茨城の合計)の感染推定図です。先の私の推定図オレンジの実線グラフに相当します。東京オンリーでない処が比較しずらい点ですが、おおよその傾向は一致します。

発症日を特定できない感染者も含めた推定

ピークは3/28頃になってますね。しかし4/23までの実効再生産数が1以下の部分は怪しい。これは推計がおかしいという意味ではなくて、元データが怪しいという意味です。その部分が実は検査されなかった感染者(オレンジの点線-実線)によるものではないでしょうか。繰り返しますが、黒実線はPCR検査で陽性となった日、はオレンジの線はその人達が感染した日のグラフです。八割おじさん西浦教授の棒グラフはその感染日の推計。青い線グラフが実効再生産数です。

上のグラフ(実感染の推測)で黒点線-黒実線の人達がどうなったかというと、新型コロナCOVID-19 の特徴はほとんどの人は発症後1〜2週間で症状も消えますから今では誰にも感染させる危険性も無くなり普通の生活に戻っているでしょう。重症化した方はタイミングが遅れても黒い実線に含まれるでしょうし。希には未検査のまま亡くなった方もおられるかもしれませんが。

感染しても未発症の方はオレンジの線にも黒線にも含まれません。黒点線の頃の方は当然もう誰にも感染させる危険性はありません。それどころか第二波第三波がきても抗体が出来ているのでもう感染しないという幸せな方々です。私も母もそうだったら良いなぁと思っているんですが。

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